Hallo,
die AutoIt Funktion MsgBox ruft die Funktion MessageBox aus der user32.dll auf. Diese läuft immer Modal, d.h. das laufende Programm wird solange angehalten bis das Fenster wieder geschlossen ist! Eine Möglichkeit wäre auf die Funktion MsgBox zu verzichten und eine eigne Funktion zu schreiben. Die zweite Möglichkeit ist, die Funktion myadlib und AdlibEnable in ein separates Programm zu packen welche am Anfang mit Run gestartet und am ende wieder beendet wird: