Kann man "Anwendungen" ohne Anmeldung ausführen? Nee oder?
Somit müsste es ein Windowsservice mit eigenem Systemkonto sein.
Ansonsten:
Autoadminlogon de-/aktivieren + Reboot Skript
Pseudocode: de-/aktiviere Autoadminlogon -> counter = 0/1 -> kein reboot/ reboot