2 Möglichkeiten fallen mir auf die Schnelle ein:
1. Deine "Abfragevariante" ist nicht korrekt (da du ja leider nur "Scans vom Vortag" geschrieben hast, kann ich da kaum etwas nachvollziehen).
2. Deine Lösch/Verschieb-funktion ist nicht korrekt. (zB dass ein Ordner gelöscht wird. wenn er noch nicht leer ist, oder dass Dateien aufgrund von Vermutung 1 zu unrecht gelöscht werden.