Keine Ahnung wie das bei Laptops genau läuft, aber prinzipiell sollte im Gerätemanager sowohl das Touchpad als auch die Tastatur als eigenständige Eingabegeräte vorhanden sein. Diese sollten beide deaktivierbar sein, wie so ziemlich jedes Gerät. Das wäre jedenfalls mein Lösungsansatz. Einfach beide temporär nicht benötigten Geräte deaktivieren bzw später wieder aktivieren.
Anscheinend gibt es von MS das cmdline Tool "devcon", welches man hierfür verwenden könnte. Das selbe lässt sich aber sicher auch direkt per Autoit realisieren.