Hab nochmal mit einem frischen Projekt getestet und dabei festgestellt, dass es nicht an den Includes liegen kann. Es liegt am Umfang aller im Projektbaum vorhandenen Scripte, da diese anscheinen ebenfalls durchsucht werden und nicht nur das gerade geöffnete Script des Projekts. In meinem Fall befinden sich insgesamt mehr als 30 alte Versionen des 6k Zeilen Scripts im Projekt. Sobald ich diese alten Versionen in das frische leere Projekt importiere tritt der Performance Engpass auf, egal ob ich nur ein Minimal Script bearbeite oder eines der großen Scripte.
EDIT: Ja mit der Einschränkung auf das aktuelle Script in den Programmeinstellungen kommt es nur noch zu einem Mikrohänger, was akzeptabel erscheint.