Du musst den neuen Ordner nicht zwingend dort anlegen. Kannst den an jedem x beliebigen Ort erstellen, zB auf dem Desktop.
Das hier ist der Standard Installationspfad: C:\Program Files (x86)\AutoIt3
Theoretisch sollte auch die Vorlage geladen werden. Hast du die Standardvorlage verändert und diese auch tatsächlich als .au3 Datei gespeichert, oder ist daraus eine .au3.txt geworden?