Habe es nun wie folgt gelöst:
Kompilieren über das Kontextmenü
Command-Einträge von Compile, CompileX64 und CompileX86 in HKEY_CLASSES_ROOT\AutoIt3Script\Shell um folgenden Parameter erweitert:
/icon "C:\Program Files (x86)\AutoIt3\Aut2Exe\Icons\AutoIt_Main_v10_256x256_RGB-A.ico"
Kompilieren über SCITE
In Datei C:\Program Files (x86)\AutoIt3\SciTE\AutoIt3Wrapper\AutoIt3Wrapper.au3
Global $INP_Icon = "" (Zeile 230) geändert nach
Global $INP_Icon = "C:\Program Files (x86)\AutoIt3\Aut2Exe\Icons\AutoIt_Main_v10_256x256_RGB-A.ico"
Jetzt ist das Verhalten wieder genau wie früher.