Wie in dem Sketch schon erklärt, sendet AutoIt nur bei verschieben des Reglers z.B "R" "125" (es wird geprüft ob der Wert des Reglers ungleich dem Label ist). Alles was du an den Arduino Port sendest wird erstmal gelagert (serial receive buffer). Geprüft ob etwas vorhanden ist wird durch serial.available(). Mit serial.read() wird das aktuellste Byte gelesen. Da der Arduino durch den ersten Wert "R" schon im Case ist wird das nächste aktuelle Byte also "125" welches ja sofort danach kommt gelesen.
So verstehe ich das, also so ist es für mich logisch und nachvollziehbar.
Nachtrag:
Das ganze geht so auch mit dem Seriellen Monitor. Sendest du dem Arduino dadurch z.B. R dann wird er in den Case R gehen und solange warten bis etwas gesendet wird. Sendest du also 5min später erst die 125, wird er im Case R in der while weiter gehen und die 125 verwerten.