Ich habe jetzt noch ein Problem isolieren können.
Ich hatte am Anfang das Problem, dass ctags keine Ergebnisse lieferte.
Das konnte ich jetzt näher eingrenzen.
Wenn jEdit mit dem Installer installiert wird, dann wird ein Eintrag in der Registry
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run mit dem Inhalt
"C:\Program Files\jEdit\jedit.exe" -background -nogui --l4j-dont-wait
erstellt. So gestartet funktioniert ctags und auch die Hypersuche nicht.
Wenn Jedit mit dem selben Aufruf über den Link vom Desktop gestartet wird, dann funktioniert alles