Okay - d.h. ein möglicher Weg wäre das Autoit-Script vom VB.net-Programm anzuwerfen ... Parameter kann man ja übergeben (in meinem Fall wäre es die Info, welche Checkboxen aktiviert werden sollen), somit könnte das klappen.
Das VB-Tool wartet dann solange der Autoit-Prozess läuft und macht danach weiter ...