Tut mir leid das ich erst jetzt antworte, ich hat zwischenzeitlich keine Zeit weiter daran zu arbeiten.
was ich geändert habe, ist:
- es wird eine temporäre png statt einer Jpg erstellt
- ich habe den Farbraum auf PXF32ARGB umgestellt, damit die Transparenten pixel bestehen bleiben
- ich hab bei _GDIPlus_GraphicsClear die Farbe auf 0x00FFFFFF umgestellt
- und im ersten _ToBuffer /FlateDecode statt /DCTDecode angegeben.
Das was ich jetzt im Internet gelesen habe, scheint es aber recht aufwändig zusein ein PNG in ein PDF einzusetzten, wenn der Alpha kanal bestehen bleiben soll. Da man dafür die RGB werte vom A entfernt und dann mit /mask arbeitet.
Ich bin jetzt dazu übergeangen einfach mit GDI+ die pngs übereinander zu legen.