Überall, wo du danach ControlClick machst, kannst du statt WinWaitActive WinExists machen. Damit umgehst du die Problematik, dass manche Fenster von sich aus nie aktiv werden.
Wenn du danach Send oder MouseClick hast, hilfe folgendes Konstrukt:
[autoit]
WinExists(...)
WinActivate(...)
WinWaitActive(...)
- hoffentlich zumindest
Viel Erfolg beim Testen,
peethebee