Es war früher (!) möglich zu dekompilieren, wenn man das beim Kompilieren ermöglicht hat.
Wenn du den Quelltext hättest, kannst du doch einfach neu kompilieren, dann brauchst du keine vorhandenen Exe-Dateien vergleichen.
Bei jedem guten Virenscanner kannst du außerdem das Verzeichnis mit deinen Exe-Dateien (oder diese selbst) von der Prüfung ausnehmen, weil du ja weißt, dass diese sauber sind.
peethebee