Kommandozeilendruck mit PDF-Creator auf anderen Printer hab ich noch nicht probiert, halte ich aber für möglich.
Vielleicht hilft dir das ja weiter: PDF Toolkit.
Edit:
Zur Erklärung warum ich das Toolkit vorschlage: Damit kannst du recht zügig alle deine Dokumente in der gewünschten Reihenfolge zu einem Dokument zusammenfassen, welches du dann druckst - und schon stimmt die Reihenfolge.