Ohne das ich mir das komplette Script und die genutzte Funktion _ReplaceStringInFile() angesehen habe, musst Du das Ergebnis der Funktion wieder einer Variablen zuweisen und diese auch wieder in die (oder eine neue) Datei zurückschreiben.
Meine Annahme war falsch: Die Funktion macht dies automatisch. Du must also den Dateinamen (im Beispiel $aFiles[0], bzw. $aFiles[x] per Schleife) an die Funktion übergeben und nicht den Inhalt.