Du weißt aber, das die Option "@SW_HIDE" das Fenster versteckt !?
Edit:
Mal davon abgesehen, das Du wahrscheinlich in diesem Fall die CMD-Line (@ComSpec) gar nicht benötigst und es ggf. hier nur zu weiteren Fehlern führt. Meist reicht ein einaches:
case $Notes
Run('explorer.exe "\\server\share\' & GUICtrlRead($input2) & '\Notes\Data\"')
Edit2:
Jetzt Leerzeichentauglich !