Die Autostart-Verknüpfung lässt nicht löschen. Hier mal der betroffene Teil meines Scriptes:
[autoit]If GUICtrlRead($Autostart) = 1 Then
FileCreateShortcut( @ScriptDir&"\X.exe", @StartupCommonDir&"\X")
Else FileDelete( @StartupCommonDir&"\X.ink") EndIf
bitte den Skryptteil mit Enter eintippen 
probier mal:
[autoit]
#RequireAdmin
If GUICtrlRead($Autostart) = 1 Then
FileCreateShortcut( @ScriptDir & "\X.exe", @StartupCommonDir & "\X")
Else FileDelete( @StartupCommonDir & "\X.ink")
EndIf
Vielleicht so (nicht alles in einer Zeile):
[autoit]
If GUICtrlRead($Autostart) = 1 Then
FileCreateShortcut(@ScriptDir&"\boost.exe", @StartupCommonDir&"\PCBoostX")
IniWrite("boost.ini", "Options", "Autostart", "1")
Else
FileDelete(@StartupCommonDir&"\PCBoostX.ink")
IniWrite("boost.ini", "Options", "Autostart", "0")
EndIf
//Edit: Zu langsam 
läuft bei mir nich =(
Dann mach ich das einfach über die Registry, den Autostart Eintrag.
