Wo klickst Du denn auf einen Link, wenn kein anderes FF-Fenster offen ist
Welchen Port? Nun einfach eine andere Nummer als den Default-Wert (4242), das dürfte auf einem normalen Anwender-PC nicht viel Probleme bereiten.
Bei welchen Anderen soll der denn für was frei sein? Über den gleichen Port können sich mehrere Scripte mit MozRepl verbinden, es wird jeweils ein neuer Socket dabei verwendet.