Ohne es getestet zu haben wage ich mal zu Behaupten, dass dein Fehler nicht am if...then...else liegt, was für mich sehr sinnvoll und richtig ausschaut, sondern an der Nutzung des falschen Datentyps beim Overwrite Parameter der _filewritetoline() Funktion. du übergibst hier einen String, da du die Zahl 1 in Anführungszeichen setzt. Strings haben wenn ich mich recht entsinne in Autoit immer den Integer Wert 0, was gleichbedeutend mit "nicht überschreiben" ist. Übergebe also einfach mal eine 1 ohne Anführungszeichen, dann sollte es meiner Meinung nach funktionieren.
EDIT:
Das fileopen() und fileclose() ist im übrigen zum einen falsch angewendet, zum anderen bei der Funktion _filewritetoline() nicht notwendig bzw nutzbar, da dies bereits intern in der Funktion erledigt wird. Fileopen macht nur Sinn wenn man filewrite() oder fileread() verwendet.