Übrigens gibt es für AutoIt eine MySQL-UDF, so musst du keine Aufrufe über die Shell machen sondern kannst dich direkt auf den DBS verbinden und deine Queries absenden.
Und ich verstehe dein Shellaufruf nicht ganz. Das Chr(34) sind ja Gänsefüßchen.
Dein Aufruf wäre also folgender:
'cmd.exe /c mysqladmin -u root ""ALTER DATABASE ' & $neuerprojektname & ' CHARACTER SET utf8mb4 COLLATE utf8mb4_general_ci;'
Müsste es aber nicht:
'cmd.exe /c mysqladmin -u root "ALTER DATABASE ' & $neuerprojektname & ' CHARACTER SET utf8mb4 COLLATE utf8mb4_general_ci;"'
sein?