Das ist das ganze Script, alle Variablen global, so daß nie neue angelegt werden, wie es bei Unachtsamkeit in einer Funktion passieren könnte.
Dann irritiert mich aber das GUIGetMsg. Du hast doch keine GUI, wieso versuchst du die Nachrichten zu verarbeiten?
Ansonsten würde ich mir das FileWrite mal genauer anschauen, vielleicht schreibt es in die Datei und der Buffer wird im RAM nicht gecleared.
Öffne und schließ jedes Mal das Handle explizit um das genauer zu untersuchen(, oder probier FileFlush nach jedem FileWrite?)