Ich weiß nicht, warum, aber dieser Thread hier ist irgendwie völlig an mir vorbei gegangen... 
water
Eins nach dem anderen:
Punkt 1:
Das Problem, was du vor einer halben Ewigkeit beschrieben hast... Was soll ich sagen? It's not a bug, it's a feature. 
Mein Programm erkennt optionale Parameter und vermerkt dies auch in der Beschreibung. Einmal wird hinter dem Parametername "optional" vermerkt, und die entsprechenden Zeilen bekommen per CSS ein etwas abweichendes Aussehen. Außerdem werden beim Parsen für den "gelben Kasten" die Func-Zeilen verwendet, die ja die eckigen Klammern gar nicht enthalten. Da ist ja dann eigentlich durch den Default-Wert sofort erkennbar, dass die Angabe optional ist. War also tatsächlich eher eine Design-Entscheidung, als ein Problem. Aber der Aufwand, das als optionalen Switch in das Programm einzubinden, sollte sich in Grenzen halten.
Punkt 2:
Klar, das macht völlig Sinn, wenn man die Software in einen bestehenden Build-Prozess einbinden möchte. Stimme ich dir zu, setze ich um. Ist ja kein großer Aufwand.
Punkt 3:
Ja, das macht eigentlich auch mehr Sinn. Die gewählte Reihenfolge war eher nach Gefühl, aber so entspricht es ja ungefähr der logischen Reihenfolge. Hab da schon ein Bild vor Augen, wie sich das optisch macht.
Punkt 4:
Related gibt es doch. In dem Block werden sogar automatisch Sprunglinks zu den jeweiligen Funktionen gesetzt. 
Ich würde mal vom Gefühl her sagen, dass ich am Wochenende wohl mal nen Stündchen dafür aufbringen kann.
Und du wirst lachen, es ist quasi deine Schuld, dass ich gerade wieder auf diesen Thread gekommen bin. Hab grade auf einem Rechner die AD.au3 runtergeladen und dabei dann registriert, dass da ja eine Doku im HTML-Format bei ist. Und dachte noch so "Ach, schau mal, sowas hast du doch auch mal programmiert". 