Ich halte mich mal aus dem Win 7/8.1/10 battle raus 
Aufnahme und Analyse der Leistungsüberwachung. Hast du das mal gemacht? Was ist dabei herausgekommen?
Windows-Ereignisanzeige sauber? Wenn nein, was für Fehler findet man dort?
Kannst du vielleicht Randpunkte deiner Hardware nennen (besonders CPU / MB / Graka)?
Ich hatte mal ein ähnliches Problem:
In un-rhythmischen Abständen und nur in bestimmten Spielen hat mein gesamter Desktop (Anwendung + Desktop auf dem zweiten Monitor) gelaggt. CPU / RAM Auslastung war i.O., keine Peaks. Ereignisanzeige ebenfalls i.O.. Nach zwei nVidia Updates war das Problem behoben. Keine Hinweise im Netz oder in den Patchnotes. Das googeln nach laggs in bestimmten spielen kann man sich ja heut zu Tage sparen *g*
Da ich bestimmte Spiele mit minimalen Grafik-Anforderungen Spiele und anderen mit hohen war es schnell klar, dass der Treiber / die Graka nicht will wie ich. Bei spielen mit hohen Anforderungen war es auch noch lange nicht jedes.
Da du sagst es hat sich seit Jahren nichts verändert, würde ich dir raten deinen Rechner zu patchen 
Spaß, aber ich glaube da liegt ein Problem mit der Graka / der Kommunikation oder halt deiner CPU vor. Wenn es die CPU ist würde ich jedoch Peaks erwarten.
Update:
Ein weiterer Freund hatte mal Probleme mit einem Firmware-Update. Die gekaufte CPU war laut Hersteller mit dem Mainboard ab FW Version X kompatibel. FW Update gemacht. CPU will trotzdem nicht. Nach streit mit dem Verläufer ist er auf dem MB sitzen geblieben. MB ausgetauscht alles funktioniert. Nach einigen Monaten kam eine Mail, wenn er das MB noch habe möge er dies zurück senden und bekomme das Geld erstattet.
Update2:
Wenn das Problem immer besteht, starte den Rechner, lasse ihn im Idle stehen und starte ausschließlich den Windows Prozess-Monitor (den gibts in der SysinternalSuite). Sortieren nach CPU Auslastung. Ggf. ein Filter setzen, dass System Prozesse erstmal ausgeblendet werden. Öffnen sich zwischenzeitig vll. Prozesse, oder erkennt man dort minimale Peaks eines Prozesses? Das gleiche dann nochmal mit System-Prozessen.
Wenn es ein Grundlegendes Windows Problem wäre, müssten das ja mehrere Leute haben.