Trotzdem möchte ich nochmal einwerfen,
Genau darum geht es in diesem Thread,
es sollen Ideen gesammelt und diskutiert werden. Also vielen Dank fürs "Einwerfen"! 
Systemdatei, Systemeinstellung, Systemdaten, ... da stelle ich mir was vor, was hier nicht gemeint ist. Eher sehe ich es als ein 2-Dateien Konzept, bei dem Einstellungen in eine Global- und eine User-Datei gespeichert werden. Ich gebe dem Kind den Namen "Global/User-Konzept" (das schreibt sich auch leichter). 
Auch wenn (glaube ich) sonst niemand etwas zum 2-Dateien Konzept gesagt hat, ich finde es gut.
Für den Moment werde ich zwar das 1-Dateien Konzept benutzen, weil ich einfach nicht riskieren will, was alles schief gehen kann, wenn ich so viele Stellen im Code ändern würde. Aber später könnte das durchaus umgestellt werden.
Wie sieht es denn aus, wenn ein Programm das Global/User Konzept und einen Settings-Dialog benutzt (SciTE mach das doch so, oder?), werden dann die Einstellungen vom Settings-Dialog in der User-Datei gespeichert? - Hmm, ...
... jetzt wo ichs schreibe, kann ich es mir kaum anders vorstellen. Ok, ist klar. War also keine Frage, sondern laut gedacht.
Was gibt es denn an Nachteilen bei dem 2-Dateien-Konzept gegenüber dem mit nur 1 Datei? Wo Licht ist, muss es doch auch Schaten geben. 