So, das Flackern habe ich jetzt fast wegbekommen :).
Das ist entstanden, weil du alle 100 ms den Tooltipp gesetzt hast, auch wenn noch keine Sekunde rum war.
Global $begin = TimerInit(), $diff, $diff_alt = 0, $sec
Global $Countdown = 10
Global $head = 'test'
ToolTip("in " & ($Countdown - $sec) & " Seconds" & @CRLF & @CRLF & "Press END to Exit", 0, 0, $head)
WinSetTrans("[CLASS:tooltips_class32]", "", 150)
Do
$diff = TimerDiff($begin)
$sec = Floor($diff/1000)
If $sec > $diff_alt Then
$diff_alt = $sec
ToolTip("in " & ($Countdown - $sec) & " Seconds" & @CRLF & @CRLF & "Press END to Exit", 0, 0, $head)
WinSetTrans("[CLASS:tooltips_class32]", "", 150)
EndIf
Sleep(100)
Until $diff >= $Countdown * 1000