Zum anderen soll eine vorgesehene Reihenfolge in der Ini eingehalten werden.
Was ist der Nutzen davon?
Du solltest evtl. das Konzept überdenken. Ich finde die von SciTE gewählte Variante mit Global und User Properties sehr gut.
Deine *Soll.ini* entspräche den Global Properties und wird zuerst geladen. Dann werden die Werte aus der *Ist.ini*, den User Properties, gelesen, welche Werte aus der Global überschreiben.
Vorteil:
Du brauchst die User Datei niemals bearbeiten, das macht ausschließlich der Anwender.
Macht dieser keine individuellen Einträge, sind die globalen Werte gültig.