So gehts:
[autoit]$sRead = StringRegExpReplace($sRead, '(\s\sMS_OTWREG_NOCHECK\s=\s)1(\r\n)', ' MS_OTWREG_NOCHECK = 0' & @CRLF)
[/autoit]Das ist noch solche Macke der AutoIt-Regex-Engine (ist mir auch neu). Obwohl nur 9 Backreferenzen möglich sind, wird der Ausdruck: $10$2 (Backreferenz1 & 0 & Backreferenz2) als Backreferenz10 & Backreferenz2 interpretiert. Was 'n Schwachsinn. 
jetzt ist alles perfekt 
DANKE!
Anbei noch für alle andere die komplette Datei:
;~ ~ ------------------------------------------------------------------------------
;~ Erklärung zu den RegEx:
;~ ------------------------------------------------------------------------------
;~ Pattern: (\s\sMS_DESIGNSEED\s=.*\r\n)
;~ \s\s Leerzeichen (2x)
;~ MS_DESIGNSEED genauer Text
;~ \s Leerzeichen
;~ = Gleichheitszeichen
;~ .* irgendwelche Zeichen, beliebig oft
;~ \r\n @CRLF
;~ () die ganze Abfrage in Klammern bildet eine Backreferenz
;~ Replace: '$1' & " %lock MS_DESIGNSEED" & @CRLF
;~ $1 Backreferenz Nr. 1 (der gesuchte Text)
;~ " %lock MS_DESIGNSEED" & @CRLF <== die zusätzliche Zeile
;~ Pattern: (\s\sMS_OTWREG_NOCHECK\s=\s)(1)(.*\r\n)', '$10$3')
;~ (\s\sMS_OTWREG_NOCHECK\s=\s) Backreferenz Nr. 1
;~ (1) Backreferenz Nr. 2
;~ (.*\r\n) Backreferenz Nr. 3
;~ Replace: '$10$3'
;~ $1 Backreferenz Nr. 1
;~ 0 die '0' anstelle der Backreferenz Nr. 2
;~ $3 Backreferenz Nr. 3
;~ ------------------------------------------------------------------------------
#include <File.au3>
$pfad = "c:\admin_V8\config\project_config"
$ext = "*.pcf"
If StringRight($sPfad, 1) <> "\" Then $sPfad &= "\"
$aFiles = _FileListToArray($sPfad, $ext)
If @error Then
MsgBox(64,"","Fehler. Keine Dateien gefunden")
Exit
EndIf
$sPfad = StringTrimRight($sPfad,1)
[/autoit] [autoit][/autoit] [autoit]For $i = 1 To $aFiles[0]
$fh = FileOpen($sPfad & "\" & $aFiles[$i], 0)
$sRead = FileRead($fh)
FileClose($fh)
$sFileName = $aFiles[$i]
;~ Einfügen: Textanfang (links) in der Datei suchen und dadrünter neuen Text einfügen
;~ Suche: " MS_DESIGNSEED =" und danach "%lock MS_DESIGNSEED" einfügen
$sRead = StringRegExpReplace($sRead, '(\s\sMS_DESIGNSEED\s=.*\r\n)', '$1' & " %lock MS_DESIGNSEED" & @CRLF)
;~ Suche: " MS_SEEDFILES =" und danach "%lock MS_DESIGNSEED" einfügen
$sRead = StringRegExpReplace($sRead, '(\s\sMS_SEEDFILES\s=.*\r\n)', '$1' & " # Verzeichnis der Seeddateien" & @CRLF)
;~ Löschen: Textanfang (links) in der Datei suchen und dann die ganze Zeile löschen
;~ Zeile " MS_COMPRESS_OPTIONS" suchen und danach löschen
$sRead = StringRegExpReplace($sRead, '(\s\sMS_COMPRESS_OPTIONS.*\r\n)', '')
;~ Zeile " MS_LEVEL_EDIT_NESTED_ATTACHMENT_LEVELS" suchen und danach löschen
$sRead = StringRegExpReplace($sRead, '(\s\sMS_LEVEL_EDIT_NESTED_ATTACHMENT_LEVELS.*\r\n)', '')
;~ Ersetzen: Textanfang (links) in der Datei suchen und dann mit neuem Text ersetzen
;~ Zeile " MS_OTWREG_NOCHECK = 1" suchen und danach mit " MS_OTWREG_NOCHECK = 0" ersetzen
$sRead = StringRegExpReplace($sRead, '(\s\sMS_OTWREG_NOCHECK\s=\s)1(\r\n)', ' MS_OTWREG_NOCHECK = 0' & @CRLF)
;~ Einfügen: Text am Ende der Datei einfügen
;~ "MS_OPENDESIGNFILEFILTER = *.dgn" und "MS_REF_DEFAULTSETTINGS = saveRelativePath=0,ignoreWhenNesting=0" einfügen
$sRead &= @CRLF & @CRLF & _
"MS_OPENDESIGNFILEFILTER = *.dgn" & @CRLF & _
"MS_REF_DEFAULTSETTINGS = saveRelativePath=0,ignoreWhenNesting=0" & @CRLF
$fh = FileOpen($sPfad & "\" & $aFiles[$i], 2)
FileWrite($fh, $sRead)
FileClose($fh)
Next
Das ist noch solche Macke der AutoIt-Regex-Engine (ist mir auch neu).
Dann schau doch mal in die Hilfe 
"To separate back-references from actual (replaced) numbers, wrap it with half-round brackets, i.e: "${1}5"."
