Ungefähr würde ich es so machen. Natürlich noch das ganze Verbindungszeugs davor 
$file=_FileListToArray('D:\EinPfad','*.jpg',1)
For $n=1 to $file[0]
_FTP_FilePut($session,'D:\EinPfad\''&$file[$n],$upload_name)
Next
Wow - ans Array habe ich als Anti-Programmierer mal wieder nicht gedacht!
Vielen lieben Dank!
Jetzt brauch ich nur noch eine Fortschrittsanzeige und dann is mein Problemchen schon gelöst 
Lässt sich ganz einfach berechnen
GuictrlsetData($progress,$n/$file[0]*100)
Edit: Was ist überhaupt ein Anti-Programmierer und was sucht jener dann in einem Programmier-Forum? 
Ein Nicht-Programmierer versteht schlicht und ergreifend viele Zusammenhänge nicht,
die einem Programmierer klar sind :wacko:
Du schreibst z.B.: "läßt sich ganz einfach berechnen" und fügst eine Codezeile ein.
Ich weiß in dem Fall noch nicht einmal wo ich das einsetzen soll 
Bis jetzt sieht der funktionierende Code so aus:
#Include <FTPEx.au3>
#include <File.au3>
#include <Array.au3>
#include <Misc.au3>
$FTPServer = "ftp.test.it"
$FTPBenutzer = "username"
$FTPPasswort = "passw"
$FTPFolder = "/folder1/subfolder"
$FTPSession = "mysession"
$OPEN = _FTP_Open("MeinFTP")
$CONN = _FTP_Connect($OPEN,$FTPServer,$FTPBenutzer,$FTPPasswort)
_FTP_DirSetCurrent($CONN, $FTPFolder)
[/autoit] [autoit][/autoit] [autoit]$file=_FileListToArray(@ScriptDir,'*.jpg',1)
For $n=1 to $file[0]
_FTP_FilePut($CONN,@ScriptDir&"\" &$file[$n],$file[$n])
Next
_ArrayDisplay ($file)
$Ftpc = _FTP_Close($OPEN)
Dafür musst du erstmal ne Gui machen (am besten in der Hilfe schauen) und ne Progressbar machen.
Das Guictrlsetdata musst du dann in der For-Scleife einfügen, dass sich die Prozent nach jeder Datei neu berechnen
Hier mal ein Beispiel:
[autoit]
GuiCreate('Meine Gui',400,100) ;erstellt ein Fenster
GuiSetState() ;macht das Fenster sichtbar
$progress=GuictrlCreateprogress(10,75,380,20) ;Erstellt eine Progressanzeige auf dem Fenster auf Position 10 und 75 mit Länge 380 und Höhe 20
