Dein Script tut genau das, was es soll
Du hast gecodet, dass bei aktiver Checkbox21 das Script solange Pause machen soll nach erledigung von : ControlSend("Unbenannt - Editor","",15,"1")
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[autoit]
sleep(GUICtrlRead($input1))
[/autoit]
und bei aktiver Checkbox22 wird nach erledigung dieses Befehls ( ControlSend("Unbenannt - Editor","",15,"2") ) solange Pause gemacht:
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[autoit]
sleep(GUICtrlRead($input2))
[/autoit]
PAUSE heißt: in der Zeit wird nichts getan.
D.h. Dein Ansatz ist in der Form verkehrt. Das wirst Du mit sleep nicht lösen können.
Versuch doch mal eine Variable hochzuzählen innerhalb Deiner If-Then Schleife......