Das hat geholfen! Herzlichen Dank.
Somit funktionieren meine Programme ohne False-Positive Meldungen glücklicher Weise weiter.
Wenn man das ganze portabel (also ohne die Installation von AutoIt) machen möchte, kann man einfach die die AutoIt3.exe unter C:\Program Files (x86)\AutoIt3 und den Includes-Ordner in den Skriptpfad kopieren. Die Batchdatei von Alpines muss dann noch entsprechend auf den Skriptpfad angepasst werden.