Mit DllCallbackRegister eine eigene Maus-Procedure zur Bearbeitung der Mausevents erstellen (_MouseProc($nCode, $wParam, $lParam)).
Du installierst einen Hook auf $WH_MOUSE_LL (Funktion _WinAPI_SetWindowsHookEx).
Wenn $nCode = $HC_ACTION und $wParam = $WM_MOUSEWHEEL dann:
Ist deine GUI aktiv? - Nachricht verwerfen / sonst: Weiterleiten ans System
Du siehst - nicht ganz trivial. Wenn du nicht alles richtig machst, ist die Wahrscheinlichkeit groß, dass du dein Programm und/oder Windows zum Absturz bringst.
Deshalb habe ich auch keinen kpl. Code gepostet. Wenn du as nicht selbst umsetzen kannst: Lass die Finger davon!