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--> siehe Setup mit Neustart
Hmm, so als erster Gedanke:
Du musst den alten Status (bzw. halt, dass das Script an Stelle X weitermachen soll) irgendwie speichern (z.B. in eine INI) und vor dem herunterfahren packst du dein Script in den Autostart bzw. legst in der Registry einen Wert für den Autostart von deinem Script fest. (HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run unter XP)
€dit: zu spät
Nimm nicht Run, sondern RunOnce, dann musst du dich nicht um die Entfernung kümmern.
Guter Einwand 
Danke für die Hilfe 
. Habe es mittlerweile hinbekommen.
