Hi,
hört sich doof an aber am saubersten ist es wenn Du das System neu installierst. Du hat geschrieben, du hättest den Virus entfernt aber er hat dein System geändert, einen Teil hast Du offensichtlich schon gefunden, wer weiß was er noch geändert hat. Das Risiko jetzt einzelne Sachen zu reparieren aber nicht zu wissen was sonst noch geändert wurde wäre mir persönlich zu groß.
Hast du mal S&D drüberlaufen lassen?
Ich vermute, du hast nicht nur 'nen Virus, sondern ein paar "nette" andere Gäste.
UNBEDINGT Die Demo von Kaspersky installieren und alles überprüfen lassen! Die kannst du kostenlos laden und dann 30 Tage voll testen, hast damit auch alle Updates dabei und bist sicher...
http://www.kaspersky.com/de/trials
Nimm: Kaspersky Internet Security 2009 Demo
Viel Erfolg.
Hijackthis und GMER könnten auch helfen 
(mit Hijackthis kenn ich mich aber net aus)
Also ich kann McPoldy nur zustimmen. Das ist viel zu riskant, jetzt zu versuchen alles wieder hinzukriegen. Wer weiß, was der Virus alles verändert oder welche anderen Viren/Trojaner er nachgeladen und installiert hat.
Lieber die wichtigen Daten retten (evtl. von einer CD booten) und das System komplett neu installieren.
Ich würde das an deiner Stelle auch machen.
Hatte auf der Arbeit schon ein ähnliches Problem und die offensichtlichen Veränderungen sind meist nicht mal die schlimmsten. Sicherheitslöcher, die im Hintergrund aufgehn sind meist viel gefährlicher. Manche sind so übel, dass du später nie wieder nen Virenscanner richtig zum Laufen bekommst - was natürlich fatal ist.
Als Virenscanner kann ich auch eine Online-Version des F-Secure empfehlen. Findet fast alles und ich persönlich bin von dem Ding überzeugt. Habe selbigen auch auf dem PC.
http://support.f-secure.com/enu/home/ols.shtml
Und zum Thema HijackThis: Ich finde das Tool sehr gut - die Analysen sind aussagekräftig und wenn ein Prozess oder Eintrag nicht erkannt wurde gibt es viele Userbewertungen, durch die man leicht erfährt ob selbiger schädlich ist oder nicht. Die Handhabung ist simpel: Programm downloaden, installieren / entpacken, öffnen, "Scan and save a log file" wählen, warten :), wenn er fertig ist den kompletten Inhalt des Logs (Strg+A) kopieren und in das Eingabefeld auf 'www.hijackthis.de' kopieren und noch auf "Auswerten" klicken.
Er wertet dieses dann aus und man kann bequem nachlesen was wo gefährlich sein könnte und was nicht.
Gefährliche Einträge dann einfach anhand der Nummerierung "O4" o.ä. auswählen, Häkchen setzen und dann "Removen"
Vorsicht jedoch bei Einträgen, die zu einer Software gehören, die man nutzen möchte - manche vertragen es überhaupt nicht wenn man ihnen die Einträge rauslöscht 
Aber ich denk jeder weiß ja was er auf seiner Kiste hat / haben will / nutzt usw.
Hoffe ich konnte auch etwas helfen und noch viel Glück bei der Lösung des Problems.
Ich hab bei sowas bissel erfahrung. Seit Windows Millenium hab ich angefangen Virus mit tools (ohne Anti-Virus also, da eh meistens net erkannt hat -.-). Hab ma lang gegooglet. Also das virus hat nur ein Bildschorner datei erstellt.. wenn ich doppelklick mache zeigt es "als" bluescreen an das pc fehler hat und wenn weiterhinauftaucht neustarten. Aber klar.. ist ja nur bildschorner. Mein Hintergrundbild wurde geändert auf ..weiß nicht mehr genau da stand auf jeden irgendwas mit das ich virus habe und ich solle anit-spyware programm oder sowas runterladen. Das Virus hat ansonsten nur in registry eintrag ein autostart gehabt die hab ich klar beseitigt und die Dateien die verknüpft haben (z.b. in windows und system32 ordner) auch beseitigt.
Es hat noch andere anträge in den selben regestriy gemacht und zwar.. da wo man das Anzeigeeigenschaften die Menus ändern oder einstellen kann. Ich weiß nicht genau was man da alles amchen kann aber mit googlen hab ich gefunden das eig ein eintrag sein sollte.. und man solle das wenn nicht vorhanden ist manuel eintrage. Habs getan und Bildschorner wurde shconmal gezeigt. Dann noch paar andere ..dann kam alles langsam hab jetzt alles wieder normal.
Naja ich glaub das Virus hat extra an passend gemacht. Hat bildschorner datei erstellt.. und zugang zum bildschorner gelöscht.. genauso auch Hintergrundbild. KP wieso sie so welche Virus programmieren.
Egal back: Ich hab hier Hilfe gebraucht, weil ich die Registryeinträge brauchte und dachte da hier Programmierer sind die vllt sich da auskennen. Nun brauch ich aber nimmer 
Trotzdem danke.
Ich hab folgende Software "immer" drauf.
Ad-Ware von Lavasoft
AVG Anti Spyware
AntiVir
Und die Tools wie HijackThis, TrojanSearcher oder wie das hieß..das zeigt Autostart registry usw..
