Welches Programm willst du den automatisieren?
Erstell ein eigenes Fenster und pack das zu autmatisierende Fenster als Child darein. (Siehe WinApi, SetParent).
Dann an das Parent senden. Funktioniert das auch nicht kannst du noch Sandboxie oder eine VM nutzen.
Falls das Problem wirklich daran liegt, dass das Fenster keine Mausklicks nimmt.
Also "Programme" die auf Flash-Basis arbeiten kenne ich keine. Da gibt es höchstens Spiele die eine kleine Flash-Umgebung in einem Fenster platzieren, oder Flashgames im sog. Internetz (also im Browser).
Ich gehe mal davon aus, dass du genauer sagen kannst was du automatisieren willst.
Hat sich erledigt. Es hat sich herausgestellt, dass Autoit einfach zu schnell klickt. Separates Mousedown, sleep und mouseup ... dann tut 
danke trotzdem.
Beste Grüße
